基礎物理虛擬仿真實驗中心不斷創新完善管理機制，穩步提高實驗教學水平，逐步形成了以下特色與創新。
（1）秉承“誠毅”校訓，把“船員教育和培訓質量體系”作為中心實驗教學質量的保證體系
“誠以為國，實事求是，大公無私；毅以處事，百折不撓，努力奮斗”，這是校主陳嘉庚先生留給集美大學的寶貴精神遺產。本中心秉承校主遺訓，通過樹立“以人為本”的教學理念來弘揚嘉庚精神，將“誠毅”精神貫穿在實驗教學中。中心嚴格執行學校的質量總方針，把“船員教育和培訓質量體系”作為中心實驗教學質量的保證體系。1997年國家頒發了《中華人民共和國船員教育和培訓質量理規則》，規定航海類院校必須建立“船員教育和培訓的質量管理體系”，并接受主管機構的外部審核。我國航海類院校建立ISO9000質量標準體系從某種意義上說是國際公約和政府有關行業部門的一項強制性要求。我校航海技術、輪機工程、船舶電氣等專業《大學物理實驗AⅠ》《大學物理實驗AⅡ》《大學物理實驗B》課程均受控于該“質量管理體系”，并將ISO質量管理體系引入到大學物理實驗教學和中心的管理中，并作為中心實驗教學質量的保證體系。
（2）建立了實驗設備更新和虛擬仿真實驗自主開發相結合的機制
近年來，隨著中心建設經費的不斷投入，先進設備不斷增加，為實驗項目改造和設備更新提供了良好的契機。與此同時，中心也加快了虛擬仿真實驗項目的自主開發步伐。由于象美國PASCO物理實驗設備等價格昂貴，為了能在有限的實驗設備套數的情況下開辟盡可能多的實驗項目，中心長期堅持尋求外圍配件自主開發的途徑。在此基礎上，近年來中心先后新開發了實驗項目20多項，其中自主開發了基于PASCO物理實驗設備的虛擬仿真實驗項目8項，不但節約了大量資金，同時也極大地提高了實驗技術人員的研發能力和學生的實驗效果。
PASCO科學工作室是美國PASCO公司研制的應用計算機進行物理量實時測量、數據采集與處理的系統工具。將其大規模應用于基礎物理實驗還需要配置相應的進口物理儀器設備，因此，成套引進基于PASCO科學工作室的基礎物理實驗需要大量建設經費。中心于2002年引進基于PASCO科學工作室的基礎物理實驗設備，通過中心老師的自主研發，在國內率先將國產物理實驗設備與PASCO科學工作室有機結合在一起，全面引進了60套PASCO科學工作室接口，將接口與國產物理實驗設備相融合，開發了8項基于PASCO的系列基礎物理虛擬仿真實驗項目，每年受益學生3600多人，每年完成實驗人時數54825，教學效果良好，并為學校節約了大量進口物理實驗設備經費開支。
通過實驗中心老師自主研發的8項基于PASCO科學工作室的基礎物理仿真實驗，在國內獨具特色，已在《大學物理》《物理實驗》《實驗室研究與探索》《大學物理實驗》《哈爾濱師范大學學報》《青島大學學報》《長春工業大學學報》《集美大學學報》等期刊發表教學研究論文12篇，開發的虛實結合的仿真實驗項目已全部應用于《大學物理實驗AⅠ》《大學物理實驗AⅡ》《大學物理實驗B》《物理實驗Ⅰ》《物理實驗Ⅱ》《物理實驗Ⅲ》《物理實驗Ⅳ》等基礎物理實驗教學中。
（3）建立了開放式、分層次、多模式的物理虛擬仿真實驗教學體系
中心于2002年自行開發了物理實驗教學管理系統，2004年開始面向全校理、工、農、管等33個本科專業實施開放式、模塊化的基礎物理實驗教學。經過10多年的教學實踐，建立了開放式、分層次、多模式的基礎物理虛擬仿真實驗教學體系，即基礎驗證性實驗層次，教學集中模式；綜合設計性實驗層次，開放模式；創新性實驗層次，開放研究模式；實物演示實驗，開放展演模式等。
經過10多年的教學實踐，中心建立了一套行之有效的開放式教學管理辦法。通過實驗教學管理系統，根據不同實驗課程和實驗平臺，分別設置了“必選實驗”“二選一實驗”“四選二實驗”“任選實驗”等實驗教學模塊，建立了7門基礎物理實驗課程的項目庫。
通過物理實驗教學管理系統，學生可自主選擇實驗內容、實驗時間和實驗教師，可自主選課、退課、查詢成績、考試資格并參加考試抽簽；教師可通過系統選擇實驗項目、實驗時間并錄入成績；課程負責人可通過系統設置實驗模塊、選課要求、課程參數、成績參數、考試抽簽設置；系統具備選課統計與分析、成績統計與分析、儀器使用統計與分析、教師任課明細與工作量、期末考試資格篩選、期末考試抽簽、學生成績獎勵與扣分、電子課程檔案、師生通訊等功能。中心網站具有仿真實驗教學輔導、在線開放教學指導、實驗預習與評判系統、實驗考試與評判系統、仿真實驗資源系統和基本資料查詢等功能。
為了激勵學生多做實驗、做好實驗的積極性，中心在考核辦法中引入了獎懲機制。凡是多選實驗項目并且成績高于70分的，由管理系統自動計算加分分值；平時成績高于80分的，也由管理系統自動給予獎勵加分。為了避免學生選課后無故缺課、浪費實驗資源，我們引入了懲罰措施，由管理系統自動記錄學生無故曠課、未完成實驗或24小時內臨時退課的扣分分值。
為了鼓勵學生平時做好每個實驗，我們引入了免考機制，即平時總評成績（平時平均成績+獎勵加分-扣分）高于免試分數時，予以免考；平時總評成績低于于免試分數時，必須參加期末考試。實踐證明，開放式、模塊化教學和獎懲結合的考核辦法，有利于促進學生多做實驗、做好每個實驗的積極性，教學效果良好。
中心于2001年開發了網絡版基礎物理仿真實驗系統。該系統集成了33個網絡版基礎物理仿真實驗項目。所有實驗項目均根據中心的實際儀器制作仿真內容，每個實驗項目包括實驗原理、實驗儀器、實驗內容和數據處理，可供校內外學生網上預習、仿真操作和數據處理，已全部應用于《大學物理實驗AⅠ》《大學物理實驗AⅡ》《大學物理實驗B》《物理實驗Ⅰ》《物理實驗Ⅱ》《物理實驗Ⅲ》《物理實驗Ⅳ》等基礎物理實驗教學中，教學效果良好。
近年來，中心著手提升建設新一代WPF基礎物理虛擬仿真實驗系統，利用中央支持地方高校發展資金，與企業合作自主開發了4個在福建省獨具特色的大型精密貴重物理實驗儀器仿真資源，先后建成了22個新一代WPF基礎物理仿真實驗資源，仿真物理實驗預習系統、仿真物理實驗考試系統、物理實驗開放式教學管理系統。該系統資源可應用于“大學物理實驗平臺”“普通物理實驗平臺”“近代物理實驗平臺”的教學中，進一步提升了中心的虛擬仿真實驗教學水平。