基礎物理虛擬仿真實驗教學中心（以下簡稱中心）起源于原集美航海學院物理實驗室、原廈門水產學院物理實驗室。1999年由原集美航海學院和廈門水產學院物理實驗室合并組成成立集美大學物理實驗室，2006年成立物理實驗中心和基礎物理虛擬仿真實驗教學中心。中心現有專職人員18人（專職教師6人、專職實驗技術人員12人），兼職教師29人。中心目前承擔《大學物理實驗AⅠ》《大學物理實驗AⅡ》《大學物理實驗B》《物理實驗Ⅰ》《物理實驗Ⅱ》《物理實驗Ⅲ》《物理實驗Ⅳ》等7門基礎物理實驗課程的教學，每年面向全校理、工、農、管等33個本科專業、3655名學生，實驗人時數為172904人/年。中心現有實驗教學用房面積約3000平方米，實驗儀器1500多臺件，儀器設備總資產1000多萬元。1997年獲得國家級教學成果二等獎，2002年獲得福建省教改重點課題立項，2005年獲得福建省教學成果一等獎，2006年被評為首批福建省物理實驗教學示范中心，2015年獲得福建省教改課題立項。2010年“大學物理實驗”正式上線“天空教室”網絡課程，2016年建立“物理實驗微信公眾號”，2017年“大學物理實驗”在北京超星平臺正式上線“在線開放課程”并參加福建省第二批精品在線開放課程評選。
中心于2001-2003年獲得福建省基礎實驗室改造建設資金400萬元，2004年獲得中央與地方高校共建發展資金200萬元，2013年獲得中央支持地方高校發展資金350萬元，2016年獲得中央支持地方高校發展資金300萬元，建立了基礎物理演示實驗平臺、大學物理實驗平臺、普通物理實驗平臺、近代物理實驗平臺、計算物理實驗平臺、物理虛擬仿真實驗平臺，構建了“演示物理實驗-大學物理實驗-普通物理實驗-近代物理實驗-計算物理實驗-探究探索實驗”的基礎物理實驗教學體系。
中心于2001年開始同步建設基礎物理虛擬仿真實驗，先后開發了“預習輔導系統”“虛擬仿真教學系統”“仿真實驗預習系統”“仿真實驗考試系統”“選課預約系統”“在線開放教學系統”，于2004年開始實行基礎物理實驗開放式教學管理。
2001年中心與東南大學物理實驗中心合作，開發了33個基礎物理實驗仿真項目，于2002年開始面向校內本科專業使用。2002年中心進一步開發了“物理實驗選課預約系統”，于2004年開始面向全校各專業實施開放式、模塊化物理實驗教學管理。2002年開始中心先后在基礎物理實驗中開展了虛擬仿真實驗項目的開發和研制，先后開發了8個在國內獨具特色的基于Pasco的基礎物理實驗仿真項目，目前已全部應用于基礎物理仿真實驗，每年受益學生3600多人。為了進一步豐富基礎物理虛擬仿真實驗教學資源，實現真實實驗與虛擬仿真實驗相結合的新教學模式，中心與科大奧銳公司合作，建立了22個新一代WPF基礎物理仿真實驗資源，開發了4個特色大型精密貴重物理實驗儀器仿真資源，建立了基于上述22個基礎物理虛擬仿真實驗教學資源的“物理仿真實驗預習系統”和“物理仿真實驗考試系統”，構建了“大學物理實驗-普通物理實驗-近代物理實驗-特色項目實驗”的實體實驗與虛擬仿真實驗相結合的實驗教學體系。中心于2017年5月在北京超星平臺正式上線“大學物理實驗”在線開放課程，充分發揮了校內外資源共享的功能。